Слово турецкого происхождения Инкерман означает «Пещерная крепость». Название, возникшее в XV веке, далеко не случайно. В скалах Инкермана до наших дней сохранилось около 350 вырубленных в скалах пещер, с древних времен используемых как убежища для врагов, для хозяйственных нужд, для церквей и монастырей.
Все пещерные монастырские сооружения Инкермана и Инкерманской долины можно разделить на три большие группы, внутри которых выделяются и отдельные комплексы: Монастырской скалы, Загайтанской скалы и на левом берегу реки Черной (Ю.М. Могаричев. Пещерные Церкви Таврики. Симферополь, 1997,-с.7.).
Пещерный комплекс, где ныне находится Свято-Климентовский мужской монастырь, расположен в Инкермане на правом берегу Черной речки. Сведений о нем в раннее средневековье, к сожалению, нет. Безусловно, культовые его помещения использовались обитателями крепости Каламита, возведенной в 1427 году князем Алексеем - правителем княжества Феодоро на месте более древних укреплений, возможно, периода императора Юстиниана I.

Об использовании храма свидетельствовали надписи и фрески, существовавшие в IХ-ХIII веках, ныне уже утраченные. Впервые описание монастыря и его главного храма Св. Георгия (позже Св. Климента) дал в 1634 году священник Иаков Лызлов, входивший в состав посольства царя Михаила Федоровича, к крымскому хану в марте 1634 года. Местные христиане рассказывали священнику и его двум спутникам, что храм этот называют Св. Юрия (или Св. Георгия).
Еще раньше польский посол Мартин Броневский, побывавший в Крыму в 1578 году, писал о Каламите, что греки, живущие на полуострове, ежегодно «стекаются сюда» и отмечают праздник. Турецкий путешественник Эвлия Челеби осенью 1665 года также был в Инкермане. Он говорит о греческом монастыре, но подчеркивает, что население уже было смешанное. Упадок Инкерманского монастыря, безусловно, связан с захватом турками в 1475 году княжества Феодоро и Южнобережья.
Единого мнения о времени возникновения главного храма монастыря Св. Климента (Георгия) нет. Исследователи по-разному трактуют строительство этой вырубленной в скале трехнефной базилики - от VIII до XV века. Ее длина 10,6 метра, нефы разделены тремя парами колонн с капителями. В конце апсиды имеется большой рельефный процветший крест с расширяющимися концами. Существуют разные точки зрения о причине изображения креста в храме. Трактовали его как иконоборческий символ. Некоторые предполагали, что церковь построена армянским мастером, так как подобные изображения известны в армянских храмах.
Рядом с храмом Св. Климента находится еще одна пещерная церковь - во имя Святого Апостола Андрея Первозванного. Она прямоугольная в плане, с горизонтальным потолком, алтарь отделен вырубленной в скале стеной с двумя маленькими окнами и вратами. Престол в алтаре также вырублен из камня.

Третья пещерная церковь во имя Святого Мартина Исповедника, папы римского - исторической личности, одного из наиболее значительных церковно-политических деятелей VII века, сосланного в марте 655 года в ссылку в Херсонес или в Инкерман за непоколебимое отстаивание ортодоксальных христианских взглядов и осуждение Монофелитства. Она прямоугольная в плане, со сводчатым потолком и алтарной апсидой на востоке. За Свято-Климентовским храмом в этом пещерном комплексе имеется еще одно помещение с вырубленной вдоль стен каменной скамьей. В древние времена она служила трапезной, к которой шла лестница.
Помимо основного пещерного комплекса в Монастырской скале, в восточной ее части имелся небольшой скит с храмом Евграфия (на карте И.Батурина - храм География), а также храм с крещальней «Атка» («Афка») - в южной части скалы, выходящей в Гайтанскую балку. На противоположной от Свято-Климентовского монастыря стороне Монастырского оврага располагалась «Армянская» церковь.
Собственно, в период развитого средневековья здесь, в долине, находился довольно развитый монашеский центр, можно сказать, Инкерманский Афон, с несколькими десятками церквей и скитов.
По Указу Святейшего Синода от 15 апреля 1850 года Инкерманский монастырь восстановили, присвоив ему имя Климента. Уже в 1852 году в монасты-ре-киновии освятили главный храм. Во время первой обороны города, особенно в день Инкерманского сражения 24 октября 1854 года, монастырь пострадал, ядра попали даже в пещерные храмы.
После учреждения 16 ноября 1859 года самостоятельной Таврической епархии начались обновление комплекса пещерных храмов, их реставрация, расширение Свято-Климентовского монастыря. В 1868 году освятили престол в храме Св. Мартина, годом ранее художник Д.М. Струков его реставрировал. В это же время восстановили кладку наружных стен всех пещерных церквей, в храме Св. Мартина парусиновый иконостас с одного из судов, затопленных в период обороны 1854-1855 годов, заменили на цинковый со стеклянной мозаикой и росписью, выполненной академиком живописи В.Д. Фартусовым.

Финансировали эти работы И.И. Четвериков и купец Мелюшин. В 1863 году инженер-поручик архитектор К. Вяткин составил смету для строительства дома настоятеля с надомной церковью во имя Св. Троицы. Работами по их возведению руководил Д.М. Струков. Он же написал иконы для храмов и отреставрировал фонтан с золоченым крестом. Согласно преданию, источник забил из скалы после молитвы великомученика Климента. Источник, носящий его имя, существовал до недавнего времени, даря страждущим ежесуточно до 1600 литров воды. Построенная в 1875 году железная дорога Лозовая - Севастополь прошла по территории монастыря, в нескольких метрах от его храмов и построек. Нарушив уединение и покой монахов, она, тем не менее, способствовала потоку в обитель паломников и любознательных. В 1896 году для них возвели двухэтажную гостиницу на 24 номера. Годом ранее напротив подземного храма Св. Мартина соорудили небольшой наземный храм во имя Св. Пантелеймона, выдержанный в стиле поздневизантийского церковного зодчества, с иконостасом работы В.Д. Фартусова. Храм был посвящен спасению семьи Александра III в железнодорожной катастрофе 17 октября 1888 года у станции Борки, о чем говорила надпись на фронтоне храма.
К 50-летию первой Севастопольской обороны на плато Монастырской скалы был заложен, а в 1907 году освящен храм во имя Святого Николая. Средства на его постройку дал ростовчанин Рогожин. Выполненный в классических формах поздневизантийской церковной архитектуры с двумя приделами, крестообразный в плане, к сожалению, полностью разрушен в годы Великой Отечественной войны.
Рядом с обителью находился некрополь, частично сохранившийся до наших дней. На нем был похоронен известный изобретатель в области военно-морского дела Е.В. Колбасьев.
После революции, начиная с 1924 года, монастырские храмы стали постепенно закрываться, последними 15 декабря 1931 года прекратили существование древние пещерные храмы.
Богослужения в культовых помещениях Инкерманского монастыря возобновились ровно через 60 лет при епископе Симферопольском и Крымском Василии. Много труда и сил вложил в возрождение обители архимандрит Августин (1955-1996 гг.) - в миру Александр Половецкий. К сожалению, 13 сентября 1996 года он с иеромонахом Агапитом погиб в автомобильной катастрофе. Их погребли в стенах монастыря.