В наше время на мемориальном некрополе советских воинов на Северной стороне города у Братского кладбища и на городском кладбище на 5-м километре Балаклавского шоссе появились могилы севастопольцев, погибших на атомных подводных лодках «Комсомолец» и «Курск».
7 апреля 1989 года в Норвежском море в 180 километрах юго-западнее острова Медвежий на глубине 1600 метров в результате аварии затонула атомная подводная лодка «Комсомолец», 42 члена экипажа погибли. В том же году в Морском Николо-Богоявленском кафедральном соборе Ленинграда, ныне Санкт-Петербурга, с благословения митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия, ныне Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси, была установлена мемориальная доска в память погибших моряков с надписью: «Подводникам Русского флота. Взяты морем 7 апреля 1989 года. Вечная память».
На мемориальном некрополе на Северной стороне погребены три морских офицера - выпускники Севастопольского высшего военно-морского инженерного училища: капитан 3 ранга Сергей Манякин, капитан-лейтенант Николай Волков и лейтенант Александр Шостак.
22 моряка остались навечно покоиться в корпусе лодки на дне Норвежского моря, среди них и севастопольцы. По решению Военного совета Черноморского флота, 7 апреля 2001 года на этом же мемориальном некрополе открыт памятный знак с именами капитана 3 ранга A.M. Испенкова, мичманов Г.В. Ковалева, М.Н. Валявина, А.В. Краснобаева.
18 августа 2000 года в Баренцевом море на атомной подводной лодке «Курск», затонувшей от взрыва, находилось семнадцать севастопольцев. Семь из них нашли вечный покой в севастопольской земле. В ноябре 2001 года на городском кладбище были погребены: капитан-лейтенант Денис Пшеничников, фельдшер мичман Виталий Романюк, в декабре 2001 года - капитан 2 ранга Юрий Саблин и капитан 3 ранга Андрей Силогава, в марте 2002 года - мичман Алексей Зубов. На Северной стороне - капитан-лейтенант Михаил Родионов, в ноябре 2000 года - мичман Михаил Бочков.
В память о 24 севастопольских подводниках, погибших в мирное время на атомных подводных лодках, 15 ноября 2000 года на мемориале «Черноморцам - витязям морских глубин» была открыта мемориальная доска.